На середину XVI ст. припадає період особливих зловживань патрональним правом світських урядників, як і королівської влади у Київській митрополії. Отримане ще за життя владики Макарія королівське призначення М. Балабана (у чернецтві – Арсенія) потребувало підтвердження, тому впродовж кількох місяців новий єпископ ще домагався документа, хоч кафедру вже посідав. Так, у серпні 1549 р., очевидно, через активну діяльність Балабанової опозиції, призначення намісника Львівської єпархії отримав перемишльський єпископ Антоній (Радиловський). Згодом, Арсеній залишився повноправним львівським ієрархом. Владика продовжив заходи, спрямовані на утвердження матеріального забезпечення єпархії, – тривали судові справи з шляхтою та унівськими монахами. У 1566 р. Сиґізмунд ІІ Август підтвердив угоду владики Арсенія з сином о. Григорієм про передання йому єпархії в майбутньому. Незважаючи на це, після смерті єпископа, 16 червня 1569 р. король номінував на Львівську кафедру Івана Лопатку-Осталовського (в чернецтві – Іону) – кандидата, рекомендованого католицьким архієпископом Станіславом Сломовським (1565-1575). Єпископ Іона швидко переїхав до Львова, а Григорій Балабан (у чернецтві – Гедеон), який також отримав від короля грамоту із наданням прав володіння єпархіальним майном та підтримку кандидатури перед митрополитом, змушений був залишатися у давній резиденції галицьких владик та намісників – Крилосі. Лише після смерті Іони в 1576 р. владика Гедеон зміг повернутися до Львова і у повному обсязі здійснювати адміністративні та душпастирські обов’язки . У 1591 р., після смерті перемишльського єпископа Арсенія (Брилинського), преосвященний Гедеон до хіротонії наступника отримав призначення адміністратора цієї сусідньої єпархії.
З іменем владики Гедеона пов’язаний один із найбільш насичених подіями період в історії єпархії: перші патріарші візити, боротьба проти втручань латинської ієрархії у церковні справи, суперечки стосовно впровадження григоріанського календаря, конфлікти з братством, проблема укладення церковної унії.
Упродовж багатьох століть канонічна залежність Української Православної Церкви від Константинопольського патріархату залишалася символічним гарантом кафолічності та духовного, апостольського наступництва церковної традиції. Низку дискусій серед істориків уже впродовж багатьох десятиліть викликає статус руської православної ієрархії в системі церковно-політичних зв’язків Константинопольського патріархату. Головна форма залежності і канонічного визнання юрисдикції Константинопольського патріархату полягала в обранні та призначенні митрополита. Патріархи зберігали свій вплив на обсадження Київської митрополії, іноді й окремих єпархій, розглядали суперечки в середовищі вищого духовенства, були найвищим духовним авторитетом у всіх церковних справах. З часом, цей вплив дедалі більше змінювався, потрапляючи у залежність від низки політичних чинників. Боротьба за Київський митрополичий престол, а згодом протистояння між двома титулярно київськими ієрархами з резиденціями відповідно у Києві, Новгородку чи Вільні та Володимирі або Москві впродовж XIV-XV ст. засвідчили часто досить формальне трактування Константинополя як великими князями Литовськими, так і великими князями Московськими. Митрополит Макарій (Булгаков), аналізуючи причини укладення Берестейської унії у своїй “Історії Руської Церкви”, серед “винуватців” назвав також константинопольських патріархів, які не надавали належної уваги Київській митрополії, чим сприяли її занепаду та поширенню різних ворожих до православ’я вчень. Дослідник вважав, що патріархи почали втручатися і намагалися вирішити проблеми православних на українсько-білоруських землях лише тоді, коли відчули серйозну матеріальну скруту . Тому надання грамот тим, хто пропонував оплату, стало одним із засобів збільшити прибутки патріархії. М. Грушевський вбачав неґативний вплив дій східних патріархів не так в отриманні оплат чи зборі пожертвувань, як у непослідовній політиці, що спричинила загострення внутрішніх протиріч в українському середовищі .
Перші свідчення про візит патріарха на українські землі та надання патріарших грамот пов’язані з перебуванням у Львівській єпархії антіохійського первосвятителя Іоакима (Доу) у 1585-1586 рр. Владика Іоаким отримав від Константинопольського патріарха Єремії ІІ права і повноваження на здійснення візитації Київської митрополії. Приїзд Святійшого Владики для православних у Речі Посполитій був подією надзвичайної ваги. До нього спрямовувалися усі скарги та прохання духовенства і шляхти, які докладали зусиль, намагаючись подолати кризу у церковному житті. Саме у патріарха вірні шукали підтримки для боротьби з недостойними представниками ієрархії та нижчого кліру. Ще перед приїздом патріарха до Львова тут особливої гостроти набули стосунки між владикою Гедеоном і мирянами. Патріарх Іоаким навіть особисто був присутній під час покарання єпископом львівського братчика Івана Красовського. Провівши низку соборних нарад та зустрічей з духовенством і мирянами у Львові, предстоятель намагався підтримати прагнення благочестивих братчиків, здатних, на його думку, реформувати церковне життя. Найважливішим кроком, який здійснив патріарх Іоаким під час свого перебування на українських землях, стало затвердження статуту Львівського братства (11 (1) січня 1586 р. Згодом братство міщан – парафіян Свято-Успенського храму – отримало право ставропігії: вилучення з юрисдикції правлячого архієрея і безпосереднє підпорядкування патріархові. Ця подія спричинила загострення тривалих конфліктів між владикою і братством . Статут Львівської ставропігії став зразком укладення статутів інших братств, що формувалися у єпархії та далеко за її межами. Успенському братству підпорядковувався Свято-Онуфріївський чоловічий монастир, в кінці XVI – на початку XVII ст. під його опікою діяв у Львові жіночий монастир св. Катерини Александрійської .
У 1589 р. Київську митрополію і, зокрема, Львівську єпархію відвідав константинопольський патріарх Єремія. Під час його перебування відбулися архієрейські собори у Вільні, Супраслі, Бересті і Тернополі. Тоді ж на митрополичу кафедру замість владики Онисифора (Дівочки) було призначено Михайла (Рогозу). На тернопільському соборі владик розглядалася суперечка єпископа Гедеона з Успенським братством. Соборним і патріаршим рішенням визнано слушність за братчиками, владика був позбавлений права призначати священиків Ставропігійського Успенського храму, втручатися у справи братського Свято-Онуфріївського монастиря. Братчики отримали грамоту з підтвердженням своїх прав і погрозою анафеми кожному, хто насмілився б їх порушити. Незважаючи на це, владика Гедеон продовжував боротьбу з братством, намагаючись заручитися підтримкою світської влади. Можливо, попередні рішення та намагання опертися на авторитет патріарха спричинили появу постанов Берестейського і Новогрудського архієрейських соборів 1594 р., згідно з якими львівський єпископ мав бути усунений з кафедри .
Щоправда, втручання світських людей у церковні справи викликали незадоволення й інших єпископів. Тому уже в лютому 1595 р. єпископа Гедеона повністю поновлено у правах, а обурення архієреїв проти втручання братств стало однією з підстав їх схиляння до унії з Римським престолом. Один з ініціаторів церковного єднання, Львівський владика Гедеон, не погодився з пропонованою концепцією локальної церковної унії і разом з перемишльським єпископом Михаїлом (Копистенським) у 1596 р. не підтримав підписання акту в Бересті, беручи активну участь у православному соборі та вступаючи у конфлікт як з латинською ієрархією, так і з державною владою. Своїми рішучими діями, як зазначав історик Української Церкви І. Власовський, владика ще на століття зберіг єпархію у православ’ї . Вже після трагічних подій, пов’язаних з укладенням унії, львівський єпископ отримав титул патріаршого екзарха, а згодом, за посередництвом александрійського патріарха Мелетія (Пігаса) і молдавського господаря Єремії Могили, було досягнуто примирення владики з братством. За припущенням митрополита Іларіона (Огієнка), владика Гедеон на запрошення фундаторки Почаївського монастиря Анни Гойської міг у 1597 р. брати участь в урочистому перенесенні Почаївської чудотворної ікони Божої Матері з дому шляхтянки до Успенської церкви обителі .
Резонансною справою стали спроби насильного впровадження григоріанського календаря у 1583 р. Використовуваний католицькою ієрархією як один із засобів латинізації, календар, система реформування якого порушувала канонічну практику Східної церкви, спричинився до жорстоких утисків православних у Львові та в єпархії, закриття церков, побиття та арештів вірних.
Активну діяльність розгорнула Львівська братська школа, управителем якої впродовж двох років (1586-1588) був Еласонський єпископ Арсеній, автор відомої “Граматики доброглаголиваго елліно-словенскаго язика” – “Адельфотеса”. Посібник призначався не лише для вивчення церковно-слов’янської чи грецької мови, але міг бути використаний як вступний курс до богослов’я, діалектики, риторики та ін. дисциплін . Програми навчання, розроблені відповідно до давніх педагогічних та виховних традицій Православної Церкви і західної системи “семи вільних наук”, стали зразками для цілої низки подібних шкіл на теренах всієї митрополії – у Галичі, Рогатині, Комарному, Ярославі, Холмі, Володимирі, Дубно, Луцьку, Києві.
У Львівському церковному середовищі – духовному і світському – навчалися і працювали такі видатні в історії української церкви і культури особистості як Кирило Транквіліон Ставровецький, Стефан і Лаврентій Зизанії, Іван Борецький (майбутній митрополит Київський Іов), Єлисей (Плетенецький) – архімандрит Києво-Печерської Лаври, Памво Беринда, Гавриїл Дорофеєвич, Сильвестр Косов (майбутній митрополит Київський), Ісайя Трофимович-Козловський (доктор богослов’я) та багато інших .
Окрему сторінку історії українського православ’я складають початки книгодрукування у єпархії. У дослідженнях деяких українських книгознавців останніх десятиліть висловлено гіпотезу про перші спроби книгодрукування у Львові ще у XV ст. (з огляду на можливу фундацію друкарні в монастирі св. Онуфрія Степаном Дропаном) . Саме у Львові в 1574 р. диякон Іван Федоров надрукував першу українську богослужбову книгу “Апостол”, від часу виходу в світ якої у єпархії регулярно з’являються друком підручники, богословські та полемічні праці, богослужебна література. Після смерті друкаря його віддану в заставу друкарню, за ініціативою єпископа Гедеона, викупило братство. Патріарх Іоаким, під час перебування у Львові, 15 січня 1586 р. звернувся до вірних із закликом допомогти пожертвуваннями братчикам, які “купили друкарню писма словенского и греческого, ку школе потребную, в полтори тисячи золотых заставленую, и теж церковь хотят муровати новую, и дом на школу, и дом на друкарню, и дом на шпиталь”. Незважаючи на труднощі, друкарня працювала впродовж XVII-XVIII ст., аж до припинення діяльності братства, видавши тисячі церковних книг, які, окрім бібліотек та архівів, збереглися дотепер у багатьох парафіяльних храмах Львівщини й далеко за її межами. У 1602 р. єпископ Гедеон заснував друкарню у своєму родовому маєтку Стрятині. Після видання кількох книг (Служебника, Требника), вона проіснувала недовго. Вже після смерті єпископа її викупив і перевіз до Києва архімандрит Єлисей (Плетенецький), започаткувавши у 1615 р. книгодрукування у Лаврі. Упродовж XVII ст. виникали й інші українські друкарні у Львові та єпархії.
Становище Православної Церкви у Речі Посполитій ускладнювалося тим, що після 1596 р. державна влада, зокрема в особі далеко не толерантного короля Сиґізмунда ІІІ Вази, вихованця єзуїтів, визнавала права лише уніатської церкви. Для єпархій, єпископи яких прийняли унію, не надавали дозволу висвячувати православних архієреїв. Чинено перешкоди у стосунках православних з вселенським патріархом – православних ченців та послів звинувачували у шпигунстві, проголошували турецькими агентами, заарештовували і суворо карали. Київська православна митрополія опинилася перед загрозою повної втрати єпископату після смерті Гедеона (Балабана) (на початку 1607 р.) і Михаїла (Копистенського) (1609 р.).
Єпископ Гедеон намагався забезпечити передання кафедри своєму племіннику, унівському архімандритові Ісайї (якого підтримав князь К. Острозький), але це викликало спротив серед значної частини духовенства, братчиків та шляхти. Кандидатом для висвячення у єпархії соборно був обраний Євстафій Тисаровський (у чернецтві – Єремія). Намагаючись отримати королівський дозвіл, він, можливо також за радою місцевого духовенства і вірних, змушений був застосувати усі засоби дипломатії. Одним з них, поряд з підтримкою львівського міщанства та галицької шляхти, що активно виступала на сеймиках на захист Православної Церкви, стала обіцянка, дана на вимогу короля в присутності папського нунція, прийняти унію після хіротонії. Номінований королем Сиґізмундом ІІІ і висвячений у Яссах Сучавським митрополитом Анастасієм львівський владика Єремія відмовився здійснювати будь-які унійні заходи, не відповідаючи на численні, часом досить гострі нагадування як з боку державної влади, так і з боку латинської ієрархії . У серпні 1608 р. уніатський митрополит Іпатій Потій навіть оскаржував владику в тому, що він без його відома випросив у короля єпархію, яка здавна належала київським митрополитам і управлялася призначеними намісниками і вікаріями. У випадку ігнорування суду, І. Потій погрожував єпископу “клятвою нерозрішимою”, на що той також особливо не зважав. Уніатський митрополит спробував призначити свого єпископа і в 1611 р. висвятив віленського архімандрита Йосифа Вельяміна Рутського. Але новий єпископ-уніат кафедри не зайняв і залишався у Вільні титулярним Львівським архиєреєм .
22 січня 1608 р. єпископ Єремія звернувся до духовенства та мирян єпархії з посланням, у якому проголосив зобов’язання благочестиво виконувати покладені на архієрея обов’язки та шанувати і оберігати всі права і привілеї духовенства і братств, отримані від церковної чи світської влади . У документі владика наголошував необхідність збереження соборноправних традицій церкви та дотримання виборності кандидатів на високі церковні посади. Були підтверджені також права крилошан. Упродовж тривалого духовного служіння владика Єремія суворо дотримувався даної присяги. Єпископ користувався особливою повагою духовенства, багато часу проводив у поїздках по парафіях та в родинному с. Жовчеві, утверджуючи вірних у батьківській вірі. Вищезгадуваний автор життєписів львівських владик (другої пол. XVII ст.) зазначав, що Єремія до кафедрального міста повертався лише на престольний празник св. Юрія . З благословення владики у 1630-х рр. на Краківському передмісті Львова було збудовано парафіяльну церкву Різдва Пресвятої Богородиці. Єпархія на той час налічувала понад тисячу парафій. Матеріали люстрацій королівських земель та інші пам’ятки державної документації у зіставленні з нечисленними для того часу внутрішньоцерковними джерелами подібного типу дозволяють виявити 1043 парафії Львівської єпархії станом на 60-80-ті рр. XVI ст. За підрахунками польського дослідника Людомира Бєньковського, площа Львівської і Галицької земель та Подільського воєводства, що складали територію єпархії, охоплювала 47318 кв. км, а кількість населення складала понад 313 тис. Таким чином, у середньому парафія охоплювала 300 осіб, щоправда такий розподіл не був рівномірним: у Галицькій землі парафію складали бл. 230 осіб, на Поділлі це число сягало 470 (для порівняння – у Волинському воєводстві середній показник складав 665) . Підтверження великої кількості православного парафіяльного духовенства єпархії знаходимо в листуванні двох протестантських лідерів першої половини XVII ст. Самуеля Святополка-Болестрашицького і литовського польного гетьмана Криштофа Радзівілла. У своєму листі, написаному з Судової Вишні (місця зібрання шляхетських сеймиків у Львівській землі) 24 серпня 1632 р. до К. Радзівілла, С. Святополк описав сеймикові події останніх днів. “Назавтра, – писав він, – провели ми в руській церкві сесію з стародавньої грецької релігії братами, яких було так багато, що церква не могла їх вмістити, самих лише попів кількасот” .
Тривалий час владика Єремія був змушений здійснювати духовну опіку над вірними інших українських православних єпархій, залишених без єпископів. Коли 1620 р. заходами єрусалимського патріарха Феофана відновлювалася православна ієрархія на Україні, преосвященний Єремія отримав підтвердження свого становища і разом з іншими святителями брав участь у підготовці хіротоній. У 1629 р. саме у Львові мав бути скликаний спільний православно-уніатський собор для вирішення майбутнього Української Церкви . Після смерті київського митрополита Іова (Борецького) (1631), константинопольський патріарх надав львівському єпископу титул екзарха. А у Фомину Неділю 1633 р. у Львівській Успенській церкві за участю найстаршого за хіротонією преосвященного єпископа і патріаршого екзарха Єремії відбулося рукопокладення у єпископський сан києво-печерського архімандрита Петра (Могили). Архієрейське служіння преосвященного Єремії надавало особливого символізму Львівській кафедрі у першій половині XVII ст. Висвячений у розпал сеймової боротьби в умовах “позазаконного” буття православної церкви у Речі Посполитій та залишаючись єдиним канонічним єпархіальним архієреєм на українських землях у складі Речі Посполитої, він гідно представляв т. зв. Феофанову ієрархію у 1620-х рр., а з прийняттям “Пунктів заспокоєння руського народу грецької релігії” (1632), був єдиним, хто зберіг кафедру в ієрархії митрополита Петра. Упродовж тридцяти чотирьох років єпископ Єремія втілював канонічну спадкоємність та відданість православ’ю галицьких земель. Не випадково видана у Києві книжка “Аполлеіа Апологіи” з рішеннями собору 1628 р., який засудив відступництво від православ’я Мелетія Смотрицького і його твір “Апологія подорожі до східних країв”, містила присвяту соборного духовенства владиці Єремії. Помер владика 1 березня 1641 р. і був похований у Жовчеві.
Обрання наступника, здійснене соборно після поховання Єремії (Тисаровського) з метою запобігти можливому втручанню латинського архієпископа, митрополит Петро не визнав. Предстоятель не погодився з тим, що собор відбувся без його відома і не у кафедральному місті. Тому 5 квітня 1641 р. у кафедральному храмі святого Юрія скликано єпархіальний собор, учасником якого був і цитований вище хроніст львівських єпископів . У роботі собору, крім єпархіального духовенства, брав участь представник митрополита луцький ігумен Леонтій, представники братств, 112 представників шляхти. На розгляд собору пропонувалося дві кандидатури – Даниїла Балабана і молодого 23-х літнього шляхтича Андрія Желиборського. Після тривалого обговорення собор підтвердив рішення, прийняте у Жовчеві, – обрати єпископом Львівським молодого, але освіченого і відданого церкві А. Желиборського. Після прийняття чернечого постригу з іменем Арсеній та королівського затвердження рішення собору у листопаді цього ж року новий єпископ був хіротонізований.
Зберігаючи добрі відносини з братствами, єпископ сам розпочав активну видавничу діяльність. До співпраці був залучений нещодавно звільнений управитель братської друкарні Андрій Скольський. При Свято-Юріївському кафедральному соборі було засновано нову друкарню, яка вже у 1645 р. видала першу книгу – Евхологіон (Требник). Згодом з’явилися ще дві книги: “Наука о седми тайнах церковных” і “Зобраніє короткоє науки о артикулах віри” (1646) – передрук Катехизиса митр. Петра (Могили) 1645 р. Після того діяльність друкарні у Львові було припинено, і перенесено її до Унівського Свято-Успенського монастиря . У 1646 р. з благословення владики Арсенія та зусиллями львівського міщанина Симеона Содоми біля підніжжя Лисої гори і Високого Замку було зведено православний храм св. Іоанна Богослова. У 1663 р. при ньому вже існувало братство, можливо, й невеликий чоловічий монастир .
Роки національно-визвольної війни українського народу під проводом гетьмана Б. Хмельницького принесли пожвавлення у середовищі частини православних галичан. У багатьох місцевостях почалися заворушення, якщо не відкрито, то потайки робилися спроби налагодити відносини з козацьким табором. Львівські міщани-українці допомагали козакам, вказуючи зручніші шляхи наступу, зв’язки з козацькими полками підтримували церковні братства. Успенському Ставропігійському братству навіть у XVIII ст. дорікали ворожим ставленням до польської влади під час облог Львова 1648 і 1655 рр. У бібліотеку львівського Свято-Онуфріївського монастиря потрапила книга, подарована козаками восени 1648 р. братству с. Вербиці. Зустрічалися братчики і з “капеланом” Б. Хмельницького о. Іваном Гоголовським, який, отримавши в подарунок кілька львівських видань, подарував монастиреві св. Онуфрія Октоїх . У 1651 р. жорстоким тортурам був підданий львівський та унівський друкар Андрій Скольський, запідозрений поляками у стосунках з козаками . Львівський братчик Феодосій Томкевич у 1656-1657 рр. виконував обов’язки збирача мит і податків, а також довіреної особи в окремих дипломатичних справах при українському гетьмані. У травні 1657 р. в Чигирині гетьман приймав представників єпископа Арсенія.
18 вересня 1662 р. преосвященний Арсеній спочив, а наступником було обрано його брата Адама Желиборського (в чернецтві – Афанасія), який недовго займав кафедру (помер у вересні 1666 р.). Коли 1664 р. київського митрополита Йосифа (Нелюбовича-Тукальського) було ув’язнено за звинуваченнями у державній зраді, львівський єпископ Афанасій був призначений адміністратором Київської митрополії.
Після смерті Афанасія опіку над єпархією перейняв колишній перемишльський єпископ Антоній (Винницький), що на той час уже титулувався митрополитом Київським. Маючи королівський привілей на митрополію, Антоній намагався зберегти Львівську єпархію як джерело утримання. Архієрей не користувався особливим авторитетом у єпархії, й, можливо, саме це спричинило обрання частиною духовенства і шляхти кандидата, якого він не підтримував. Таким чином, у 1667 р. львівським єпископом став шляхтич Іван Шумлянський (в чернецтві – Йосиф). У молодому віці він перебував на військовій службі, у складі польського війська брав участь у битві під Чудновом 1660 р. Був одружений з шляхтянкою-католичкою Геленою Яблонською. Як зазначав дослідник біографії єпископа Микола Андрусяк, незважаючи на походження з благочестивої православної родини, відомої щедрими фундаціями церков та монастирів, Іван під впливом перебування серед польської шляхти, збайдужів до православ’я. Вже після обрання на львівську кафедру у вересні 1667 р. частина православної шляхти засвідчила, що у світському стані Шумлянський завжди залишався ворогом православної церкви і змінив віровизнання. “Ніколи у наших духовних не сповідався, лише у ксьондзів”, – визнавав пізніше київський православний митрополит Гедеон (Святополк-Четвертинський).
Після свого обрання, Йосиф проігнорував митрополита Антонія і звернувся за презентою до львівського латинського архієпископа Яна Тарновського. Згодом, уже висвячений на священика, Шумлянський, з огляду на вороже ставлення владики Антонія (Винницького), поїхав у Ясси. Звідти він запросив двох відлучених константинопольським патріархом грецьких ієрархів, які й висвятили його 10 лютого 1668 р. у с. Височки Борщівського повіту. Під час перебування Шумлянського в Молдавії митрополит Антоній захопив Свято-Юріївську кафедру у Львові і ініціював обрання іншого кандидата. 21 січня 1668 р. з чотирьох пропонованих кандидатів на Львівську єпархію було обрано Євстафія Свистельницького (у чернецтві – Єремію). Повернувшись до Львова, Йосиф Шумлянський кілька разів чинив напади на кафедральний собор і врешті його захопив. 10 травня, у день Вознесення Господнього, у Львівській Сято-Успенській церкві владика Антоній висвятив Свистельницького і проголосив відлучення Шумлянського. Але ці заходи уже не могли вплинути на хід подій, оскільки новий призначений і визнаний константинопольським патріархом київський митрополит Йосиф (Нелюбович-Тукальський) звернувся до всіх православних Речі Посполитої із закликом не підтримувати Винницького, який не отримав патріаршого благословення. Александрійський патріарх Паїсій, якому Шумлянський скаржився на “неканонічного” митрополита Антонія, визнав Йосифа львівським єпископом. А єрусалимський патріарх Досифей у 1670 р. проголосив Шумлянського фальшивим архієреєм і благословив Свистельницького. Король, у свою чергу, видав кілька грамот, якими влада у єпархії передавалася то одному, то іншому претенденту. Боротьба за Львівську кафедру тривала ще багато років і припинилася лише після смерті владик Єремії (1676) і Антонія (1679). Після цього Йосиф Шумлянський зміг повністю присвятитися внутрішньоєпархіальним справам. Єпископ провів низку важливих адміністративних реформ, намагався зміцнити матеріальне становище кафедри, встановити контроль за монастирським життям . У 1673 р. відбулося урочисте перенесення Теребовлянської ікони Божої Матері з Покровської церкви в Теребовлі до кафедрального собору св. Юрія. Відтоді цю подію у Львові відзначали в день Покрову Пресвятої Богородиці.
В другій половині XVII ст. суттєвих змін зазнали межі єпархії. До її складу на короткий час увійшли більшість парафій Збаразького, Олеського деканатів Луцької єпархії, низка парафій Буського та Мостецького деканатів Хомської єпархії. Такі зміни були пов’язані передусім з православно-уніатським протистоянням. В міру народної колонізації упродовж XVIII ст. поширювалися межі подільської частини єпархії. У 1680 р. львівському єпископові сплачували катедратик священики Богуславського, Корсунського, Лисянського, Немирівського, Рашківського, Хмельницького та Ямпільського деканатів (за деякими свідченнями – можливо й з окремих парафій інших деканатів Київського воєводства), що засвідчувало їх включення до складу єпархії. Таким чином, уже до кінця XVII ст. межі єпархій не співпадали з кордонами воєводств і повітів, як було у давніший період, а визначалися конфесійною орієнтацією парафій, межами приватних володінь тощо. Цей процес засвідчував поступове звільнення ієрархів від впливу і тиску державних чинників та втручань шляхти .