На час скликання Новогрудського собору (1414) та внутрішньоцерковних конфліктів у зв’язку з обранням на Київську митрополичу кафедру у межах Великого князівства Литовського владики Григорія (Цамблака), землі колишньої митрополії з центром у Галичі стали однією з причин суперечок двох кандидатів (київського і московського) на титул митрополита “всієї Русі”. Всі адміністративні справи в Галицькій єпархії тоді вирішував намісник, який призначався з благословення київського митрополита. Під 1413 р. згаданий перший крилоський намісник Ігнатій Крехович. Безпосередній вплив на призначення намісника мала королівська влада в особі місцевого старости. У справах духовних (наприклад, рукопокладення священиків) православне духовенство та миряни зверталися до волоських чи молдавських митрополитів, іноді – владик сусідніх єпархій . Навіть після висвячення єпископа траплялося, що окремі справи на теренах Львівської єпархії вирішували сусідні архієреї. Відсутність постійного нагляду архієрея за умов розвиненого права патронату (“подавання хлібів духовних”) спричинила значну дезорганізацію церковного життя. Владики як державці могли розпоряджатися лише тими церквами і монастирями, які належали до маєтків кафедри, а на приватних землях чи королівщинах церкви і монастирі були в “подаванні” відповідно шляхти або короля.
У XV ст. було зроблено спробу призначити на Галицьку кафедру уніатського єпископа. Київський митрополит Ісидор, прийнявши в 1439 р. унію, повертався з Флорентійського собору і 1440 р. відвідав Львів і Галич . У Львові він, як свідчить хроніст Бартоломей Зіморович, урочисто відслужив літургію в латинському кафедральному соборі, “на що русини дивилися скоса” . Уже перебуваючи в Римі як кардинал католицької церкви, у 1457 р. Ісидор рекомендував папі Калісту ІІІ (1455-6.08.1458) висвятити константинопольського ченця серба Макарія. Документ папи про номінацію галицького уніатського єпископа Макарія з благословення митрополита Ісидора був виданий 16 січня 1458 р., надіслано також листа з Риму до польського короля Казимира IV Яґеллончика з повідомленням про це . Важливим свідченням щодо майнового забезпечення колишньої православної митрополії є листування папи Пія II (19.08.1458–1464) з львівським католицьким архієпископом Григорієм з Сянока і перемишльським єпископом Міколаєм Бляшковичем. Посилаючись на скарги згаданого уніатського єпископа (1458), папа перелічив те “належне до Галицького стола”, що було відібране в єпархії “деякими синами неправди”. У цьому переліку згадані десятини, оплати, прибутки, данини, ґрунти, маєтки, житниці, стайні, стодоли, ліси, млини, села, замки (без будь-якої ідентифікації), церковний посуд і прикраси, велика кількість худоби, книги, документи та багато інших речей . Макарій недовго залишався у Галичі й незабаром виїхав до Угорщини, а в єпархії знову призначалися православні намісники. 1470 р. короткий час у Крилосі перебував хіротонізований у Римі наступник Ісидора – київський митрополит Григорій (1458-1473), який, прибувши на терени митрополії, у 60-х рр. проголосив свій відхід від унії і визнав канонічну юрисдикцію православного константинопольського патріарха.
15 вересня 1475 р. польський король Казимир IV Яґеллончик окремою грамотою передав монастир у Перегінську з селами в адміністрування галицького намісника (можливо, ігумена) Андрія Свистельницького . Дещо згодом привілеї монастиря були передані жидачівському старості Збожному, а відтак жидачівський войський Мацей Ґембіцький з Куропатник купив права на монастир за сто гривен.
У XVI ст. місто Львів стало головним центром активного опору української громади обмеженням її прав, одним з найважливіших церковних осередків на теренах колишньої Галицької митрополії. Цьому сприяла ціла низка факторів: важливе геополітичне розташування, перенесення сюди (від 1412 р.) кафедри католицького архієпископа та посилення тиску з боку латинського духовенства, міщан і шляхти й пізніше призначення саме у Львові православних намісників і архімандритів.
Боротьба українського міщанства за відновлення кафедри тривала досить довго. У листі до київського митрополита Макарія (1539) львів’яни покликалися на безуспішність заходів “дідів і батьків”, які “много їзд и накладов чинівали”. Нових форм протистояння набуло на початку XVI ст. у зв’язку з заходами львівського католицького архієпископа Бернарда Вільчка (1505-1540), спрямованими на підпорядкування своєму впливові православного населення. У 1509 р., опираючись на грамоти королів Владислава II Ягайла (1423) і Владислава III Варненчика (1442), архієпископ домігся декрету з підтвердженням його прав на намісництво. Королівський привілей визнавав право архієпископа призначати (чи, точніше, рекомендувати кандидатів, яких затверджував король) галицьких православних намісників .
Загроза вилучення з юрисдикції київського православного митрополита цілої єпархії спричинила зміни в титулатурі предстоятеля церкви, а згодом також певну обережність у ставленні ієрарха до питання відновлення кафедри – центру окремої церковно-адміністративної одиниці. Підкреслюючи свою духовну владу над всіма українськими землями, митрополит Йосиф ІІ (Солтан) (1507-1522) з вересня 1509 р. почав титулуватися “Київським і Галицьким і всієї Русі” (замість “Київський і всієї Русі”). Новий титул був визнаний державною владою й використовувався у королівських грамотах .
Владика не обмежився лише зовнішньою зміною і вже після Віленського собору (1509) доручив холмському єпископу Філарету (1508-1533) здійснити візитацію Галицької єпархії. У 1510-1511 р. Філарет відвідував православні парафії на теренах намісництва, де і був заарештований за наказом Бернарда Вільчка. Лише після особистого втручання польського короля Сиґізмунда І Старого (1506-1548), який окремим листом змусив латинського архієпископа відпустити в’язня, наголошуючи, що у випадку його провини сам вершитиме суд, холмського єпископа звільнено. Грамотою від 2 квітня 1511 р. король дозволив спрямовувати до холмського владики на рукопокладення священиків з Галицької єпархії . Щоправда, ктиторство, щедрі фундації православних господарів та духовна опіка владик з середини XVI ст. зумовлювали активізацію зв’язків Галицько-Львівського намісництва з Молдавією та Валахією. Наприклад, до Молдавії спрямовувалися на навчання дяки та кандидати на священицькі свячення .
Архієпископ Бернард не відкидав можливості здійснення своїх повноважень у єпархії. Можливо, за його рекомендацією намісником на місто Кам’янець і “всю землю Кам’янецьку” 1516 р. було призначено дяка Грицька. З 1511 до 1522 р. галицьким намісником був Василь Плетенський, кандидатуру якого король затвердив за поданням православної шляхти і духовенства та згодою київського митрополита. Скарги української громади й відповідні королівські листи та грамоти засвідчують постійні намагання львівського латинського архієпископа перешкодити діяльності В. Плетенського. А в 1522 р. Cиґізмунд I, за згодою Бернарда Вільчка (і, відповідно, без відома київського православного митрополита), призначив галицьким намісником і архімандритом Яцька Ґдашицького.
Вже 19 листопада королівська канцелярія видала декрет, який засвідчив “вилучення” новопоставленого архімандрита з юрисдикції державних урядів воєводського і старостинського, а також з-під влади митрополита Київського та інших представників духовного чи світського суду. Новий намісник досить швидко зробив спробу позбутися “опіки” латинського архієпископа. Він сумлінно здійснював свої обов’язки, намагався поліпшити стан церковного життя у парафіях, допомагав наверненню покатоличених українців. Цьому сприяло зближення намісника з львівськими міщанами-українцями, що гуртувалися навколо православних церков. Я. Ґдашицький також заручився підтримкою польських шляхтичів – руського воєводи, галицького, снятинського і жидачівського старости Оттона з Ходча та коронного великого маршалка й львівського старости Станіслава з Ходча, які не могли вибачити латинському архієпископу позбавлення їх можливості впливати на призначення намісників. У 1526 р. намісник отримав навіть благословення київського митрополита Йосифа ІІІ (1522-1534), а в 1534 р. був усунений з посади. Наступного року Я. Ґдашицького позбавлено намісництва, залишено за ним лише прибутки монастиря св. Юрія. Після його усунення намісниками та архімандритами призначалися Яцько (Іакинф) Сікора (1534), Йосиф (піп Гошовський?) (9.04.1535) та Іакинф Клишко (1535-1539), однак свої функції вони виконували недовго (після призначення Макарія Тучапського, упродовж 1537-1539 рр., остаточно були усунені від всіх урядів у єпархії).