1940-і рр. стали добою трагічних випробувань для західноукраїнських земель. Прославлений у радянській ідеології “золотий вересень 1939-го” започаткував період встановлення тут карально-репресивного режиму, ознаменував добу ліквідації всіх можливих опозиційних йому осередків . Одним з потужних чинників протидії та боротьби за державне і національно-культурне становлення українського народу в Галичині була Греко-Католицька Церква. Тому її ліквідація, подібно як руйнування православних храмів та жорстокі репресії проти православного духовенства в Східно- та Центрально-українських областях у 1920-30-х рр., стало черговим завданням і етапом в реалізації програми знищення духовного, релігійного життя українців, як “буржуазного” пережитку, що стоїть на заваді “світлому майбутньому”.
22-23 лютого 1941 р. у Львові перебував екзарх Московського Патріархату в західних областях України і Білорусії архієпископ Николай (Ярушевич). Православні львів’яни звернулися до владики з проханням підтримати їх і посприяти висвяченню єпископа для Львівської кафедри. 8 березня цього ж року владика Николай подав звіт патріаршому місцеблюстителю митрополитові Сергію. У документі зазначалося, що серед галицького уніатського духовенства і мирян вже з 1926 р. помітно пожвавився рух за повернення до православ’я. Лише за останні роки у Галичині було створено кілька десятків православних парафій. Після встановлення радянсько-німецького кордону, “в нашій частині Галичини”, писав владика Николай, залишилося дев’ять з них та численні греко-католицькі парафії, схильні до переходу у православ’я. “Я вважаю надзвичайно корисним заснувати в Тернопільській єпархії кафедру вікарного єпископа з найменуванням вікарія єпископом Львівським, з місцем проживання його в м. Львові і спеціально для галицьких парафій”, – наголошував у звіті архієпископ. Кандидатом на цю кафедру екзарх пропонував відомого галицького москвофіла, тодішнього намісника Свято-Успенської Почаївської Лаври архімандрита Пантелеймона (Рудика) . Священик мав уже значний досвід адміністративної і душпастирської діяльності. У 1922-25 рр. він був намісником Крем’янецького монастиря, з 1925 р. – настоятель Львівської православної парафії, у 1926 р. очолив православну місію в Галичині.
Постановою № 22 Московського Патріархату від 26.03.1941 р. було ухвалено призначити о. Пантелеймона єпископом Львівським “з затриманням ним надалі посади намісника Лаври до забезпечення кафедри незалежним утриманням”. З огляду на те, що нова єпархія формувалася на основі існуючої Тернопільської кафедри, що до того здійснювала опіку над православними галичанами, було вирішено “замість Галичини, преосвященному архієпископу Тернопільському передати з Волинської єпархії парафії Ровенської області з наданням йому титулу “Ровенський і Крем’янецький”. Запобігаючи диспропорції в адміністративному розподілі єпархій, митрополит Сергій надав право екзарху на власний розсуд включити до складу Острозької єпархії “до 8-9 районів Ровенської області”, визнаючи Острозького архієпископа “напівсамостійним, під загальним керівництвом екзарха” . Головною метою утвореної кафедри московська ієрархія проголошувала навернення греко-католиків, поширення політичних впливів, майже повністю обмежуючи цим місіонерську діяльність. Подібні формулювання часто викликали нерозуміння серед православних галичан і обурення українських православних священиків, заохочуваних до подібної співпраці Так, на пропозицію митрополита Николая (Ярошевича) взяти участь у “наверненні” греко-католиків о. Леонід Д-ий відповів: “В той час, коли йде боротьба проти релігії взагалі, коли ведеться найактивніша боротьба проти Бога, коли хочуть з серця людського вигнати все святе і Бога (…) мені не тільки греко-католик брат, але і католик, лютеран, англіканець чи іншого ісповідання християнин, а навіть юдей, якщо він вірить у Бога” .
Урочиста хіротонія єпископа Пантелеймона відбулася у Москві в кінці квітня 1941 р. А постановою № 39 від 30.05.1941 р. було вирішено звільнити єпископа від виконання обов’язків намісника Почаївської Лаври і запропонувати йому переїхати для постійного проживання “до свого кафедрального Львова” . Воєнні події та складні внутрішньо-церковні відносини не дозволили єпископу здійснити своє призначення. Львів так і не побачив у 1941-му владики, а Пантелеймон (Рудик), уже як архієрей новоутвореної промосковської Автономної Церкви на Україні, від грудня цього ж року виконував свої обов’язки у Києві, за допомогою німецької влади, ведучи боротьбу з “самосвятами” УАПЦ. Офіційний титул владики був наступним: “Смиренний Пантелеймон єпископ Львівський, Управляючий Київською єпархією” .
Німецька окупація Галичини супроводжувалася тиском на місцеві православні громади. Вони були позбавлені права здійснювати публічні водосвяття, хресні ходи, великі свята необхідно було переносити на неділю. Духовенство було зобов’язане сплачувати великі податки. Арешти і розстріли духовенства та мирян супроводжували декларації про “лагідність” у ставленні Німецького уряду до православних. Майже повністю було обмежено можливості доброчинної діяльності церкви, було заборонено надавати притулок у парафіяльному домі у Львові депортованим зі сходу священно- і церковнослужителям. В лютому 1944 р. з благословення митрополита Діонісія (Валединського), який очолював Православну Церкву на території колишньої Польщі під німецькою окупацією, і архієпископа Краківського і Лемківського Палладія (Видибіди-Руденка) у Львові було засновано парафію Української Автокефальної Православної Церкви. Її настоятелем був призначений о. Олександр Попов, а владика Палладій титулувався архієпископом Краківським і Львівським . 11 березня цього ж року у Львівському Преображенському греко-католицькому храмі вісім священиків УАПЦ відслужили панахиду за упокій душі Тараса Шевченка. Наступного дня заупокійні молитви за Кобзаря були знесені у православній парафії. Відступ німецьких військ влітку 1944 р. віщував зміни політичного режиму та встановлення нової системи державно-церковних відносин.
Можливість посилити тиск на галицьких греко-католиків з’явилася після смерті митрополита Андрея Шептицького (1 листопада 1944 р.). Трагізм духовного життя українців полягав у тому, що сталінський режим підступно використав “церковні” засоби для досягнення політичних цілей. В лютому 1945 р. перший секретар ЦК КП(б)У М. Хрущов повідомив наркома НКДБ УРСР про особисте рішення Й. Сталіна ліквідувати УГКЦ. Ініційовані органами державної влади заходи мали на меті якнайповніше використати невпевненість церковних кіл Галичини після смерті митрополита Андрея та проправославні настрої частини уніатського духовенства. “Руська православна церква, яка в минулому не доклала достатньо зусиль у боротьбі з католицизмом, сьогодні може і повинна відігравати значну роль у боротьбі проти римсько-католицької церкви й уніатства”, – наголошувалося у доповідній інструкції. У квітні почалися арешти греко-католицького єпископату та нижчого кліру Галицької митрополії .
Тоді ж, напередодні завершення Другої світової війни, відбулося відновлення православної кафедри у Львові. У квітні 1945 р. прийняв постриг і був висвячений на єпископа Львівського і Тернопільського та поставлений священноархімандритом Святоуспенської Почаївської Лаври Макарій (Оксіюк). В обов’язки новопоставленого владики входило також адміністрування та духовна опіка над парафіями Станіславівської та Дрогобицької областей. Відразу після хіротонії єпископ прибув до Львова. У травні 1945 р. греко-католицькі священики Гавриїл Костельник, Михаїл Мельник (представник Перемишльської єпархії), Антоній Пельвецький (представник Станіславівської єпархії) сформували “Ініціативну групу по возз’єднанню Греко-Католицької Церкви з Руською Православною Церквою” .
Усвідомлюючи наслідки реалізації “релігійної політики” в СРСР, діячі ініціативної групи намагалися створити підстави для збереження духовного життя в Галичині, закликаючи до цього своїх співбратів. Об’єднання українських земель, нехай і в рамках антигуманного тоталітарного режиму, галицькі священики розглядали як нагоду для здійснення духовного єднання народу. Офіційна радянська пропаганда гарантій усіх свобод у “робітничо-селянській” державі сприяла тому, що в багатьох місцевостях Галичини селяни, втомлені воєнним лихоліттям, зустрічали Червону Армію як визволительку, і готові були прийняти нові умови буття. Непевність охопила і частину міського населення. У серпні 1944 р. було урочисто оголошено, що радянська влада побудує у Львові пам’ятники Тарасові Шевченку, Іванові Франку, Богданові Хмельницькому. На вулицях радянські військові віддавали честь священикам, а лейтенант НКВС, який пограбував квартиру протопресвітера Г. Костельника, на показовому процесі був засуджений до семи років ув’язнення . Зрештою, кроки у бік пошуку певного компромісу з новою владою намагався здійснити і митрополит Андрей Шептицький. Так, у розмовах з діячкою польського Зв’язку Збройної Боротьби Владиславою Пєховською у квітні та червні-липні 1940 р., ієрарх наголошував на необхідності Української держави та співпраці з поляками, однак, “виразно даючи зрозуміти, що коли б радянська влада дозволила поширитися унії на всю Україну, то він разом з Церквою був би готовий співпрацювати з СРСР” . Делегація духовенства УГКЦ, запрошена до Москви після смерті митрополита Андрея, повезла із собою написаний владикою раніше лист до Й. Сталіна, у якому було підкреслено прагнення знайти певні аспекти і шляхи взаємного порозуміння. “За здійснення тих завітних бажань і змагань українців, що від віків уважали себе одним народом і хотіли бути з’єднані в одній державі, складає Вам український нарід щиру подяку. Ті світлі події викликали і в нашій церкві надію, що вона, як і ввесь нарід, знайде в СРСР під вашим проводом повну свободу праці і розвою в добробуті щастя”. На цьому етапі лояльність до режиму ставала у баченні ієрархії чи не єдиним шляхом порятунку .
Для частини греко-католиків “перехід” у православ’я сприймався як цілком логічне явище духовного, культурного життя і до початку жорстоких репресій проти духовенства та вірних УГКЦ не вважався чимось неприйнятним. “Я за метрикою ніби греко-католик, але почуваю себе православним, бо православними були наші предки, бо й віру православну прийняли вони з грецького сходу за святого князя Володимира… Колись-таки ми всі будемо православні!”, – любив повторювати старенький мешканець с. Миклашева (біля Львова), який, за спогадами прот. І. Миронюка, щороку на Великдень приходив молитися до львівської православної церкви . “Ми діти одного кореня і колись були всі православними. Але під поляками і за Австрії не вільно було бути іншим, як тільки католиком. Тому ми ся і називали католиками, але додавали “греко”, а на службах поминали “всіх православних”, щоби зберегти свою православну віру і традицію і не загубити тої духової єдности з українцями на Україні. На все Божа воля і на знесення унії так само”, – роздумував, навчаючи сина дяківського співу в с. Плетеничі Перемишлянського району, сивовусий Василь Кметь, рідний брат якого, парафіяльний дяк Микола біля церкви був розстріляний енкаведистами. Про цілком свідоме сприйняття православ’я у багатьох галицьких родинах згадував і нині покійний староста Львівського кафедрального Свято-Юріївського православного собору, а згодом – почесний староста кафедрального собору Покрову Пресвятої Богородиці Олександр Войтович. Галицькі греко-католики часто ходили на прощі до Почаївського монастиря.
Втручання державних каральних органів у церковні справи на довгі десятиліття ускладнило стосунки між Православною та Греко-Католицькою церквами, сприяючи черговій міфологізації української історії та будуючи непроникну до останнього часу межу між історичним минулим та ідеологізованою дійсністю. Сам о. Гавриїл Костельник у таких складних умовах намагався вбачати шанс для здійснення тих думок і сподівань, які виношував уже впродовж багатьох років. Благословляючи своїх синів вступити у лави дивізії СС “Галичина” у 1943-му, священик ще вірив у можливість протистояння войовничому атеїзмові обох систем. “Всі віруючі, у кого є сини, повинні скерувати їх в армію СС. Цим ви допоможете швидше розгромити Червону Армію і не допустите сюди Ради. Бо якщо прийдуть червоні, всі тут загинем”, - звертався о. Гавриїл до вірних на проповіді в Преображенській церкві . “Ми повинні зберегти все, що причиняється до розвитку релігійного життя. Однак, це головно залежить від духовної мудрості нашого духовенства”, – вже наголошували члени Ініціативної групи у своєму зверненні від 28 травня 1945 р .
У жовтні 1945 р. до Ініціативної групи приєдналися 233 (з 298) священики у Львівській області, 188 (з 270) у Дрогобицькій . У лютому 1946 р. для здійснення чину приєднання до Православної Церкви до Києва вирушила делегація греко-католицького духовенства у складі о. Гавриїла Костельника, о. Антонія Пельвецького, о. Михайла Мельника, о. Євгена Юрика, о. Йосифа Мариновича, о. Тимофія Марка, о. Івана Крука, о. Василя Дрелиха, о. Мирона Крутяка, о. Константина Добрянського, о. Романа Дорика, о. Юрія Ванчицького і о. Микити Павлосюка. 22 лютого галицькі священики вперше відслужили спільну Божественну Літургію у Воздвиженській церкві Свято-Успенської Києво-Печерської Лаври. Після служби о. А. Пельвецький і о. М. Мельник прийняли чернечий постриг, а на всенічній у кафедральному соборі Святого рівноапостольного князя Володимира були наречені у єпископи. Хіротонії єпископів Станіславівського і Коломийського Антонія і Дрогобицького і Самбірського Михаїла відбулися, відповідно, 24 і 25 лютого.
8-10 березня 1946 р. у Львові відбувся церковний собор за участю 216 делегатів з числа духовенства та 19 представників мирян. У роботі собору брали участь екзарх України, митрополит Київський і Галицький Іоанн, єпископи Львівський і Тернопільський Макарій, Станіславівський Антоній, Дрогобицький Михаїл. Згідно з прийнятою постановою, на соборі було вирішено: “скасувати постанови уніатського Брестського собору 1596 року, ліквідувати унію, анулювати залежність від Рима і повернутись до нашої батьківської Святої Православної віри”. Львівський храм святого Юрія знову став кафедрою православного архієрея. Трагедією православ’я у Галичині в контексті та після проведення собору стали контроль відповідних державних органів над церковними справами, репресії сталінського режиму проти греко-католицького духовенства і вірних, неможливість продовження діяльності УГКЦ в УРСР, що створювало неґативне тло для розбудови церковних структур. У червні 1946 р. були оголошені вироки арештованим єпископам УГКЦ; у листопаді 1947 р. помер перемишльський єпископ Йосафат Коциловський. З огляду на відсутність на соборі греко-католицьких ієрархів та “співзвучність” з діями влади, УГКЦ, яка продовжила свою діяльність у підпіллі та діаспорі, не визнала канонічності собору .
Нелегкими і для Православної Церкви були роки радянської влади. В умовах декларованих в СРСР “свобод”, на церкву і віруючих чинився постійний тиск. Активно проводилася антицерковна, атеїстична пропаганда, в офіційних виданнях дискредитувалися православні миряни та священнослужителі, чинилися перешкоди для вступу в духовні навчальні заклади. Згідно з безапеляційними рішеннями влади припиняли своє існування монастирі, парафії, церкви. Жорстоким переслідуванням і суворому контролю піддавалася діяльність архієреїв та священиків як у храмі, так і поза ним. Неможливою стала благодійна та видавнича діяльність. Натомість ініціювалося і заохочувалося проникнення в духовні середовища некваліфікованих, неосвічених священно- та церковнослужителів, поставлених на службу режимові атеїстів. Їх діяльність спричинювала конфлікти в середовищі мирян та духовних наставників, підривали авторитет священика серед народу, чим сприяла дієвості атеїстичної пропаганди на всіх рівнях. “Зберігаючи” церкву для людей похилого віку, радянська влада декларувала виховання нового покоління без Бога, Віри, Церкви .
Трагічно завершив свій життєвий шлях ініціатор повернення до православ’я протопресвітер Гавриїл Костельник. За невідомих дотепер обставин, 20 вересня 1948 р. на сходах львівської церкви Преображення Господнього відданого Православ’ю священика було застрелено. Після вбивства Я. Галана (1949) хвиля арештів охопила і духовні середовища. Був виключений з реєстру священнослужителів, заарештований і засуджений до заслання один із учасників Ініціативної групи о. Євген Юрик.
У день Пасхи 1946 р. львівського єпископа Макарія було возведено у сан архієпископа. Від початку 1948 р., згідно з рішенням Священного Синоду, він отримав також право духовної опіки над Закарпатською єпархією і титул архієпископа Львівського і Тернопільського, Мукачівського і Ужгородського. За сумлінне служіння львівський архієрей був також удостоєний почесного права носити хрест на клобуці (1949).
Архієпископ Макарій докладав зусиль для розбудови православних парафій, поступового очищення православного обряду, вилучення з церковно-літургічної практики латинських чи, сформованих під їх впливом, уніатських нововведень. З 1946 р. реґулярно почав видаватися львівський “Єпархіальний Вісник”, який з 1948 р. отримав назву “Православний Вісник” і був “виданням єпископів Західної України, Закарпаття й Буковини, під керівництвом екзарха всієї України”. Згодом, після кількарічної перерви (видання було припинено 1962 р.), з 1968 р. зусиллями митрополита Київського і Галицького Філарета (Денисенка) часопис був відновлений як загальноукраїнський церковний журнал. До 1970 р. “Православний Вісник” видавався у Львові.
На початку 1950 р. у Львові відбувся собор єпископів західноукраїнських єпархій, який сформулював 16 обов’язкових для виконання пунктів з вимогами виправлення і уніфікації богослужбової практики та забезпечення канонічної дисципліни. Архієпископ Макарій виявив і низку інших ініціатив, спрямованих на впорядкування парафіяльного життя та забезпечення освіти священиків. Так, прот. В. Осташевський своє переведення до Львова у 1950 р. пов’язував з нездійсненим прагненням владики втілити у життя наміри прот. Г. Костельника – відкрити у Львові українську православну духовну семінарію .
У 1951 р., згідно з рішенням Священного Синоду, архієпископа Макарія було спрямовано в юрисдикцію Православної Церкви у Польщі, як “достойного посісти митрополичу кафедру” і очолити ієрархію помісної автокефальної церкви.
З 1 лютого 1952 р. архієпископом Львівським і Тернопільським було призначено владику Фотія (Топіро), до того – архієпископа Литовського та Віленського. Відвідавши низку парафій та монастирів, владика недовго здійснював пастирську опіку над вірними – 20 серпня 1952 р. після перенесеної операції на флегмону, архієрей помер. Діяльний пастир, навіть перебуваючи в лікарні, до останнього дня приймав працівників та служителів єпархіального управління, вирішував справи і віддавав розпорядження. Тіло архієпископа Фотія було поховане у крипті кафедрального собору .
5 листопада 1952 р. отримав призначення на Львівську кафедру єпископ Волинський і Ровенський Панкратій (Кашперук) . Згідно з рішенням Священного Синоду, владика відразу був зведений до сану архієпископа. Владика продовжив заходи своїх попередників, спрямовані на встановлення церковної дисципліни та дотримання вимог уставу і спеціальних богослужбових вказівок у щоденному пастирському служінні. Збережено практику проведення єпархіальних нарад-конференцій для обговорення та вирішення актуальних богословських та богослужбових питань. Розвивалися зовнішні стосунки єпархії. Обурений ставленням держави до духовенства та вірних, сподіваючись на зміни у ставленні до Церкви після смерті Й. Сталіна, архієпископ Панкратій у червні 1953 р. ініціював написання скарги на ім’я уповноваженого Ради у справах РПЦ в УРСР Г. Корчевого. Скаргу підтримали троє інших єпископів – Станіславівський і Коломийський Антоній, Дрогобицький і Самбірський Михаїл, Мукачівський і Ужгородський Іларіон. У скарзі було наведено перелік численних порушень з боку органів місцевої влади законодавства стосовно церковних питань, масові зловживання районних фінвідділів, зокрема неправильне оподаткування священнослужителів, коли інспектори нараховували податок від кількості актів громадянського стану, зареєстрованих в ЗАГСі, а не реальної кількості здійснених таїнств. Йшлося також про виселення священиків з церковних будівель та відсутність сприяння в отриманні нового житла, відмову дітям духовенства у навчанні у вищих навчальних закладах, поширення неправдивої інформації про Церкву у місцевій пресі. Скарга архієпископа була скерована до голови Ради Міністрів УРСР Д. Коротченка і до секретаря ЦК КПУ О. Кириченка, а згодом розглядалася на найвищому державному рівні. Коментуючи М. Хрущову текст сміливої скарги голова Ради у справах РПЦ при Раді Міністрів СРСР Г. Карпов заявляв, що скарга написана “з метою розпалювання буржуазно-націоналістичних настроїв у єпископів та посилення незадоволення їх та церкви на дії місцевих органів”. Реакцією на виступ архієреїв стало посилення контролю за їх діяльністю з боку держави та переслідування у єпархії “неблагонадійного” православного духовенства. А вже з наступного року архієпископ був змушений забезпечувати діяльність єпархії в умовах реалізації постанов ЦК КПРС “Про великі недоліки в науково-атеїстичній пропаганді і заходи щодо її поліпшення” (від 7 липня 1954 р.) та “Про помилки в проведенні науково-атеїстичної пропаганди серед населення” (від 10 листопада 1954 р.). У березні 1956 р. архієпископ очолив організацію урочистих заходів з нагоди десятої річниці Львівського собору – святкування, які стали обов’язковим елементом декларації лояльності західноукраїнського духовенства до радянської влади.
З метою збереження храмів Львова та єпархії архієпископ Панкратій використовував візити закордонних делегацій до кафедрального міста. Відвідання храмів та ознайомлення гостей з пам’ятками сакральної культури дозволяли відобразити перебування іноземців як у радянській, так і закордонній пресі. Так, у грудні 1955 р. архієпископ став організатором прийняття у Львові делегації екзархату Московського Патріархату в США. До складу делегації зокрема входили і протоієрей кафедрального собору в Нью-Йорку Йосиф Дзвончик (нащадок емігрантів-українців з Лемківщини), голова редколегії журналу “Единая Церковь” і настоятель парафії в м. Юнгстауні (штат Огайо) прот. Федір Ковальчук (родинні корені якого сягали волинських сіл). У Львові гості відвідали кафедральний Свято-Юріївський собор, церкву св. Архістратига Михаїла (суч. Свято-Покровський кафедральний собор УПЦ КП на вул. Грушевського, 2), комплекс Свято-Успенської церкви, Церкву св. Георгія (на вул. Короленка), Преображенську церкву, на завершення було проведено екскурсію найдавнішими храмами Львова – церква св. Миколая та церква св. Параскеви-П’ятниці.
2 серпня 1956 р. архієпископ приймав у єпархії представника Антіохійського Патріархату митрополита Тіро-Сідонського Павла. Почесний гість з Антіохії був у Львові першим після приїзду антіохійського патріарха Йоакима 1586 р., відвідав львівські храми та парафії (Свято-Михайлівський, св. Георгія, Преображенський, Свято-Миколаївський, св. Параскеви-П’ятниці, кафедральний собор), здійснив прощу до Почаївської Лаври та її скитів. Попри декларативність та пропагандистську показовість прийняття гостей, для церковної громади Львова вони були свідченням давніх традицій та зв’язків Православної Церкви, а для архієрея – додатковим важелем у боротьбі за збереження храмів та парафій.
Згідно з рішенням Синоду від 23-24 липня 1956 р. владику Панкратія знову було переведено на Волинську і Ровенську кафедру, а на його місце отримав призначення волинський єпископ (з возведенням до сану архієпископа) Палладій. Архієпископ Палладій (Камінський) залишив по собі світлу пам’ять доброго адміністратора і каноніста . За ініціативою владики для вирішення літургічно-обрядових справ у жовтні 1957 р. відбулося зібрання благочинних Львівсько-Тернопільської єпархії у Почаєві, у серпні 1958 р. подібний соборчик був скликаний у Львові. Не випадково його діяльність викликала занепокоєння з боку органів державної влади. Так, у листі до ЦК КПУ від 4 серпня 1958 р. з грифом “Секретно” уповноважений Ради у справах РПЦ при Раді Міністрів СРСР по УРСР Г. Пінчук висловлював гостре незадоволення з приводу того, що замість ангажування до “антиуніатських” заходів у західноукраїнських областях Львівський ієрарх виступає за необхідність підготовки високоосвічених кадрів православного духовенства, зміцнення становища Церкви. Замість вживання заходів для боротьби з підпільною УГКЦ він “настійливо домагається відкриття духовної семінарії”, а також ініціює організацію різних курсів, семінарів, піднімає питання про необхідність видання релігійної літератури, зокрема посібників для духовенства. Звинувачення на адресу владики Палладія радянський чиновник повторив і розширив у секретній доповідній записці у відділ пропаганди ЦК КПУ від 2 січня 1959 р. 19 січня 1959 р. закиди архієпископу знайшли відображення у доповідній працівників ЦК КПУ В. Нікуліна і М. Гладаревського “про боротьбу із залишками унії в західних областях України” секретареві ЦК КПУ С. Червоненку.
З 17 по 25 грудня 1959 р. у єпархії перебував уповноважений у справах релігійних культів при Раді Міністрів СРСР по УРСР К. Полонник, завдання якого полягало у перевірці роботи уповноважених в областях Західної України, а також виявленні порушень радянського законодавства з боку православних архієреїв. У своєму звіті секретареві ЦК КПУ А. Скабі від 28 грудня 1959 р. чиновник надав багато уваги діяльності архієпископа Палладія та з обуренням відзначив присутність на богослужіннях великої кількості людей, зокрема дітей, молоді у кафедральному соборі св. Юрія та Преображенській церкві. Антирелігійний запал чиновника знайшов відображення і в курйозах його більш ніж докладної звітності. Так, потрапивши у собор на богослужіння архієпископа 20 грудня, уповноважений вказав у повідомленні факти, які, на його думку, засвідчують неприховану “націоналістичну пропаганду”. Так, у храмі, за словами К. Полонника, були вишикувані дві шеренги “прапороносців”, тобто дівчат і жінок з хоругвами, перев’язаними з одного боку блакитними, а з іншого – жовтими стрічками. Під час богослужіння, коли архієпископ благословляв вірних, жінки схиляють “прапори”, і тоді – “жовто-блакитні шарфи, наче бойові знамена, осіняють колінопреклонених молящих”. Попри всю абсурдність, висновок чиновника категоричний – Палладій зберігає у єпархії обряд, що має відверто націоналістичний характер. Якщо таке чинить архієпископ, “надісланий патріархом “всея Русі”, то чому ж дивуватися парафіяльним священикам (у лексиці чиновника – “православним попам”, які також пропагують “націоналістичні емблеми”)? Окрім того архієпископа було звинувачено у сприянні поширенню релігійної літератури та іконок серед вірних. А також одним із закидів було порушення “порядку пересування” єпископів – не узгоджуючи своїх дій із державними чиновниками, архієрей “самовільно” відвідував парафії, монастирі, зокрема Свято-Успенську Почаївську Лавру, служив там, “демонстративно ведучи роботу на користь церкви”.
13 лютого 1960 р. архієпископ Палладій змушений був пережити ще одну серйозну перевірку – до Львова прибув старший інспектор Уповноваженого Ради у справах РПЦ при РМ СРСР по УРСР С. Голубань. 14 лютого разом з уповноваженим у справах релігійних культів по Львівській області М. Дрилем він відвідав богослужіння у Львівських храмах, перевіряючи наявність попередньо зазначених порушень. Серед “виявлених” були вказані – використання католицьких фан, скульптур та розміщення лав для сидіння у деяких церквах тощо, зосереджено увагу на кольорах стрічок, якими перев’язувалися фани. У написаному згодом звіті (23 лютого 1960 р.) інспектор зазначив, що попри наявність “культового інвентаря бувших уніатських церков”, атрибутів “націоналістичного характеру” у Львові не виявлено. 15 лютого в кабінеті завідувача відділу пропаганди і агітації Львівського обкому партії А. Падалки відбулася зустріч інспектора С. Голубаня, М. Дриля та представника КДБ Савичева. Під час обговорення стану єпархії та діяльності архієпископа Палладія представник КДБ засвідчив, що греко-католицькі обрядові елементи справді трапляються у парафіях, а стосовно “жовто-блакитних шарфів” – таких у Львові й області немає і ніколи не було. Після наради працівники КДБ отримали розпорядження обласного керівництва здійснити додатковий огляд парафіяльних храмів.
Упродовж 1959 р. Палладій як єпархіальний архієрей “відзначився” ще одною гучною справою – захистом черниць православного Богоявленського монастиря у м. Кременці. Архієпископ виступив проти закриття обителі та переселення монахинь в інше місце (зокрема до скита Почаївського чоловічого монастиря, як пропонували радянські чиновники). Звертання владики до світської та церковної влади (особисто до патріарха Алексія І) змусили Раду в справах РПЦ переглянути рішення, а її голова Г. Карпов скерував Г. Пінчуку листа з “додатковими рекомендаціями”, у яких зазначалося, що в Україні до ліквідації монастирів приступили поспішно, не провівши належної “роз’яснювальної роботи”. Однак, незважаючи на опір архієрея, ченців, черниць та вірних єпархії, поведінку архієпископа було оголошено “провокаційною”, без його згоди та порозуміння рішенням партактиву Кременця монастир був ліквідований.
Таким чином, діяльність архієпископа Палладія на Львівській кафедрі стала підставою для гострих звинувачень з боку влади та його переміщення в Оренбурзьку єпархію.
Головні напрямки діяльності попередника, як згадував пізніше владика Миколай (Юрик), продовжив і його наступник, архієпископ Григорій (Закаляк) (1960-1964) – перший на Львівській кафедрі представник колишнього уніатського духовенства. За роки його душпастирства у єпархії повністю було завершено реформи богослужбового чину та внутрішньоцерковного устрою.
У 1962-63 рр. з боку владних структур зроблено спробу закрити Свято-Успенську Почаївську Лавру. Монахи та віруючі були піддані жорстоким переслідуванням, арештам. Упродовж 1962 р. з обителі було виселено 70 ченців. Численні протести та звернення духовенства і мирян до Патріархії, уряду, державних установ, урядів західноєвропейських держав, міжнародних організацій засвідчують трагічне становище Церкви в СРСР . “Якщо це ваші директиви, то просимо… припинити, а винних покарати, бо наша історія набагато страшніша за В’єтнамську…”; “…На всі свята не пускають християн до Лаври. Кожний християнський дім у Почаєві на прикметі, кожний християнин тремтить – ось прийдуть, битимуть, відніматимуть ікони, книжки та інші церковні речі! Як нам тяжко! Допоможіть нам!”, – читаємо в листах до генерального секретаря ЦК КПРС М. С. Хрущова, уряду, уповноваженого в справах РПЦ при Раді Міністрів . Збережені документальні описи та спогади про реалізацію радянської “релігійної” політики на українських землях – ліквідацію монастирів, парафій, руйнування храмів, могли б стати сюжетами детективних романів та бойовиків. У 1960-1965 рр. в УРСР було закрито майже половину церков, Київську та Волинську духовні семінарії, 29 з 38 ще діючих монастирів. Активний опір віруючих та острах можливої реакції міжнародних організацій (зокрема, ООН) на закриття всесвітньо відомої Почаївської православної святині дещо стримали дії владних структур, що не означало припинення знущань над монахами та мирянами та відбирання монастирського майна (що тривали до кін. 1980-х рр.). У більшості випадків ієрархія залишалася безсилою в протистоянні державному атеїзмові. Згодом, у 1970-х рр. особливе обурення влади викликала діяльність київського митрополита Філарета, спрямована на підтримку та оновлення чернечого життя в обителі. Так, після одної з поїздок владики до Почаєва, представники Ради у справах культів при Раді Міністрів СРСР зауважили йому, що його попередники-екзархи до Почаївської Лаври не їздили і йому не слід цього робити. Тим більше, що нібито й львівський владика Николай, священноархімандрит Лаври, висловлював незадоволення з приводу “втручання” митрополита в діяльність монастиря .
Незважаючи на короткочасне перебування на Львівській кафедрі (1964-1965), зміг налагодити добрі стосунки з духовенством і вірними “своєю великою скромністю, простотою і душевністю” (за спогадами сучасника) архієпископ Даміан (Марчук).
У 1965 р. був висвячений на єпископа єпархіальний секретар і настоятель Преображенської церкви Львова прот. Євген Юрик, у чернецтві – Миколай. Колишній в’язень сибірських таборів, єпископ, окрім духовної, мав і медичну освіту. У 1966 р. ієрарха було возведено до сану архієпископа, а в 1971 р. архієрей був нагороджений саном митрополита. Владика користувався високим авторитетом серед священиків і вірних, самовіддано працюючи на благо церкви. У непрості радянські роки часто відвідував і добре знав усі парафії єпархії, слідкував за належним станом утримання храмів, забезпеченням єпархії освіченим духовенством. За спогадами сучасників, владика завжди опікувався духовенством єпархії та їх родинами, наголошуючи своєму секретареві, що за “особовою справою” кожного священика стоїть жива людина . До 300-літнього ювілею перенесення чудотворної Теребовлянської ікони Божої Матері до Львова зусиллями митрополита Миколая було виготовлено для неї світлу золочену ризу. Згодом, його наступник, митрополит Никодим, уклав “Акафіст Пресвятій Владичиці нашій Богородиці явленія ради чудотворния ікони Єя Теребовлянської”.
У серпні 1970 р. Львівську єпархію відвідала делегація священиків Чехословацької Православної Церкви. 6 травня 1974 р. у день престольного празника в соборі св. Юрія з митрополитом Миколаєм служив Божественну літургію настоятель Подвір’я Московського Патріархату в Токіо єпископ Можайський Николай (Саяма). У червні 1975 р. до Львова прибув румунський патріарх Юстиніан, а у вересні – делегація Антіохійського патріархату. 8-10 вересня 1976 р. гостем єпархії був губернатор Афонської Гори доктор богослов’я, професор патрології Димитрій Тсаміс. 29 вересня – 1 жовтня цього ж року у Львові перебувала делегація Малабарської церкви з Індії, яку очолював Патріарх Католікос Мар Фома Матфей І.
З огляду на похилий вік і стан здоров’я, митрополит Миколай 6 жовтня 1983 р. подав патріархові прохання звільнити його на спокій (1 жовтня 1984 р. митрополит спочив) . Згідно з рішенням Синоду РПЦ від 23 листопада 1983 р. Львівсько-Тернопільську кафедру очолив архієпископ Харківський і Богодухівський Никодим (Руснак). Владика Никодим – відомий богослов, автор низки богослужбових текстів, учасник численних міжнародних миротворчих та екуменічних заходів, докладав зусиль для зростання ролі єпархії в РПЦ.
У вересні 1986 р. Львівську кафедру відвідав сербський патріарх Герман. 24-26 серпня 1987 р. у єпархії перебував константинопольський патріарх Димитрій І. У жовтні 1987 р. митрополит Никодим брав участь у VI Богословській співбесіді між представниками Руської Православної Церкви і Союзу Євангелічних церков НДР (у Віттенбергу).
У 1988 р. Львів став одним з центрів урочистого відзначення 1000-ліття Хрещення Русі. Святоюрська площа мабуть ще ніколи не бачила такої кількості вірних, що разом з ієрархами та численним духовенством зносили молитви за стражденну українську землю. З українськими архієреями служив у Львові православний митрополит Варшавський і всієї Польщі Василій (Дорошкевич) († 11.02.1998).
Станом на 1988 р. Львівська кафедра налічувала 1060 парафій. Розбудова парафіяльної структури в умовах послаблення політичного режиму в СРСР під час “перебудови” та обширність території єпархії зумовлювали значні труднощі у здійсненні управління. У липні митрополит Никодим звернувся до Священного Синоду з проханням призначити йому на допомогу вікарного єпископа. Постановою патріарха і священного Синоду від 19 липня 1988 р. визначено бути єпископом Крем’янецьким і вікарієм Львівсько-Тернопільської єпархії намісникові Почаївської Лаври архімандриту Марку (Петровцію). 27 липня за участю митрополита Никодима відбулося наречення на єпископа у Володимирському соборі Києва. На грудневому засіданні (27-28.12.) Синоду знову розглядалося питання Львівської єпархії – йшлося про можливість здійснення адміністративної реформи. Було вирішено з Львівсько-Тернопільської єпархії утворити дві – Львівську і Тернопільську в межах відповідних областей. Правлячому львівському архієрею – митрополитові Никодиму, надано титул “Львівський і Дрогобицький”, правлячим єпископом Тернопільської єпархії з титулом “Тернопільський і Крем’янецький” призначено владику Марка. Почаївську Свято-Успенську Лавру ще на певний час збережено в канонічному віданні владики Львівського і Дрогобицького.
Згодом, відповідно до чергового синодального рішення, митрополита Никодима було повернено до Харкова, а 13 вересня 1989 р. на Львівську кафедру призначений архієпископ Іриней (Середній). Обидва архієреї займали активну проросійську позицію, а митрополит Никодим згодом очолив т. зв. Харківський собор 1992 р., який призвів до розколу в Українському Православ’ї.
Злам 1980-1990-х рр. був надзвичайно складним періодом в історії єпархії. 19 серпня 1989 р. настоятель львівської церкви Св. Апп. Петра і Павла прот. Володимир Ярема проголосив вихід парафії з юрисдикції Московського Патріархату. Упродовж кількох місяців десятки парафій у єпархії проголосили свій перехід до складу відродженої Української Автокефальної Православної Церкви. Поширення руху за здобуття автокефалії Української Православної Церкви, вихід з підпілля Української Греко-Католицької Церкви, які супроводжувалися боротьбою за церковне майно, спричинилися до болючих багаторічних конфліктів і протистоянь. Каральні заходи, вжиті Священним Синодом РПЦ проти єпископа Іоанна (Боднарчука), що проголосив свій вихід зі складу ієрархії РПЦ і 6 жовтня 1989 р. дав письмову згоду очолити УАПЦ, та перших священиків і парафій, які у Львові та на теренах єпархії проголосили відродження УАПЦ, непослідовність Патріархії у вирішенні конфліктів з греко-католиками, виявили нерозуміння московською ієрархією реального стану церковного життя у Галичині та небажання вирішувати його проблеми. Демократизація суспільства вже напередодні розпаду Радянського Союзу дозволила визначитися більшості православного духовенства єпархії. Значна частина священиків і вірних виявилися не готовими духовно до відродження своєї Церкви. Обмежена видавнича діяльність церкви в УРСР, неможливість катехизаційної та доброчинної діяльності священиків поза храмом та чітко встановленими вимогами, толерована московською ієрархією надмірна “боротьба за чистоту обряду”, спричинили замкнутість на певні суспільні процеси частини церковних діячів. Багатовікові прагнення свободи та незалежності наприкінці ХХ ст. не лише отримали шанс на здійснення, але й зустрілися з складними перепонами, опертими на дешевий популізм, політичний фарс, відвертий підкуп. Бездуховність радянського войовничого атеїзму, виховувана поза церквою впродовж десятиліть, спричинила масові “релігійні війни” у єпархії у кінці 80-х – на початку 90-х рр. Десятки храмів у єпархії були захоплені представниками конфесії, яка користувалася реальною підтримкою влади, або перереєстровані відповідно до прагнень громад, для яких Православна Церква ототожнювалася не більше як з колишнім тоталітарним режимом. Політичний злам дозволив виявити глибоку духовну кризу ззовні християнського суспільства. Ліквідація православних парафій та побиття вірних і священнослужителів супроводжувалися агресивною, підтриманою з-за кордону, пропагандою із звинуваченнями православних і Православної Церкви у всіх лихах народу. З’являлися заклики припинити спілкування з православними, не визнавати дійсними таїнств Православної Церкви. Публіковані в наукових працях та пресі матеріали про негідні вчинки окремих представників церкви ставали підставою для якнайповніших узагальнень та звинувачень. Проголошені “екуменічними” заходи набували чітких ознак, засуджуваного на численних спільних конференціях і нарадах, прозелітизму.
13 грудня 1989 р. греко-католики не допустили архієпископа Іринея до храму св. Андрія для відправи богослужіння у престольний празник. У Сокалі до церкви був не допущений Кіровоградський єпископ Василій, який прибув на запрошення правлячого архієрея і місцевої парафії. Десятки парафій у містах та селах єпархії, охоплені конфліктами, проголошували зміну конфесії чи юрисдикції. Станом на 1989 р. Львівсько-Дрогобицька єпархія налічувала 1270 парафій.
З 8 до 13 березня 1990 р. у Львові працювала чотирьохстороння комісія за участю представників Римського престолу, Московського патріархату, Українського Екзархату РПЦ та Української Греко-Католицької церкви. Результатом роботи комісії як першого етапу вреґулювання взаємовідносин, став, зокрема, узгоджений розподіл храмів у Жовкві (тоді ще – Нестерові), Золочеві, Миколаєві, Яворові, Стрию, Бориславі. Після завершення роботи комісії була опублікована заява єпископату УГКЦ, якою усі прийняті документи і рішення проголошувалися недійсними і, відповідно, необов’язковими до виконання.
У квітні 1990 р. архієпископа Іринея було переведено у Дніпропетровську єпархію РПЦ, а на Львівську кафедру висвячено служителя Преображенської церкви, прот. Андрія Горака.
У серпні 1990 р. під час візиту на Україну Святійшого патріарха Московського Алексія ІІ, до нього звернулися представники західноукраїнських єпархій з проханням допомогти у вирішенні проблем у міжцерковних відносинах. До патріарха звернулася також українська ієрархія з проханням надати самостійність Українській Православній Церкві (до того – екзархату РПЦ). 26-27 жовтня архієрейський собор РПЦ прийняв рішення про надання церкві в Україні незалежності в управлінні. Церква офіційно отримала назву “Українська Православна Церква”, а її предстоятелем обрано і затверджено митрополита Філарета з титулом Блаженнійшого митрополита Київського і всієї України.
Цього ж року, після тривалих конфліктів і протистоянь, відбулося передання Львівського кафедрального собору св. Юрія Українській Греко-Католицькій Церкві. Для кафедрального собору та єпархіального управління Української Православної Церкви, згідно з рішенням міської ради, було віддано недіючий храм у центрі Львова (що використовувався як книгосховище Наукової бібліотеки Львівського державного університету ім. І. Франка), колишній тринітарський, згодом парафіяльний костел св. Миколая, у якому в 1940-50-х рр. уже діяла православна парафія св. Архістратига Михаїла, та кілька колишніх монастирських кімнат. Після капітального ремонту православний кафедральний собор у Львові був посвячений Покрову Пресвятої Богородиці.
Конфлікти між двома існуючими на той час православними юрисдикціями – УАПЦ і УПЦ, призвели до низки чергових кадрових змін на теренах єпархії. 26 квітня 1990 р. у львівській церкві Свв. Апп. Петра і Павла був висвячений єпископ Чернівецький і Буковинський УАПЦ Данило (Ковальчук). Після хіротонії він був призначений тимчасовим вікарієм Львівської єпархії. Коли у травні 1991 р. владика Іоанн (Боднарчук) виїжджав до США для лікування, обов’язки його заступника виконував єпископ Данило.
У жовтні 1990 р. м. Львів відвідав Святійший патріарх УАПЦ Мстислав (Скрипник) (обраний на всеукраїнському соборі 5 червня 1990 р.). 23 січня 1992 р. рішенням Архієрейського собору, очоленого патріархом Мстиславом, владика Іоанн (Боднарчук) був призначений митрополитом Житомирським, а обов’язки тимчасово керуючого єпархією були передані митрополиту УАПЦ Антонію (Масендичу). Упродовж лютого-квітня цього ж року адміністрування в єпархії здійснював прот. Мирослав Максимович. 12 квітня 1992 р. на Львівсько-Галицьку кафедру УАПЦ отримав призначення єпископ Петро (Петрусь).
З об’єднанням УАПЦ і УПЦ та утворенням на Всеукраїнському Православному соборі 25-26 червня 1992 р. Помісної Української Православної Церкви Київського Патріархату (очоленої патріархом Мстиславом), реформи охопили і Львівську кафедру. Львівським ієрархом і членом Священного Синоду став архієпископ колишньої УАПЦ Петро (Петрусь). 1 липня до Києва прибув патріарх Мстислав, який затвердив рішення Священного Синоду про переміщення декого з архієреїв і, зокрема, про прийняття до УПЦ Київського Патріархату львівського владики Андрія (Горака) . Перехід єпископа та необхідність пастирської опіки над парафіями, частина яких перебувала у непевному стані “самовизначення”, зумовили необхідність проведення адміністративної реформи: 8 вересня на основі єпархії Львівсько-Дрогобицької (яка на той час налічувала бл. 900 парафій) було створено дві окремі – Львівсько-Сокальську (місто Львів та Жовківський, Сокальський, Бродівський, Золочівський, Яворівський, Перемишлянський, Радехівський, Городоцький, Кам’янко-Бузький та Бузький райони) і Дрогобицько-Самбірську (Дрогобицький, Самбірський, Старо-Самбірський, Турківський, Сколівський, Стрийський, Миколаївський, Жидачівський, Пустомитівський, Мостиський райони) єпархії. До другої (зі Свято-Покровським кафедральним собором і єпархіальним управлінням у Львові) отримав призначення архієпископ Андрій.
Амбіційність та погорда деяких церковних діячів, дезінформованість уже слабкого 94-х літнього патріарха, резиденція якого знаходилася у США, спричинили черговий розкол у православ’ї. 20 вересня 1992 р. був хіротонізований єпископ Московського Патріархату Августин (Маркевич), який очолив сформовану єпархію УПЦ МП. Єпархіальне управління єпископа розмістилося при Львівському храмі святого Георгія Побідоносця. 9 листопада 1992 р. у Львівській єпархії було проведено зібрання духовенства, на якому одноголосно висловлено підтримку рішень Всеукраїнського Православного собору 25-26 червня 1992 р. У грудні 1992 р. патріарх Мстислав несподівано відмовився взяти участь в Архієрейському соборі УПЦ Київського Патріархату, який проходив у Києві (15.12). Собор прийняв рішення про можливість виступів посадових чи приватних осіб від імені Церкви лише за погодженням Священного Синоду та Архієрейського собору. У 5-му пункті постанови міститься прохання до Патріарха дотримуватися чинного статуту Церкви і не робити одноосібних заяв загальноцерковного характеру. Разом з іншими архієреями документ підписав архієпископ Львівський Петро. А вже 5 січня 1993 р. Петро (Петрусь) проголосив свій вихід із складу Київського Патріархату, покликаючись на “покладені” на нього патріархом “обов’язки Місцеблюстителя Патріаршого Престолу в Україні”, “всю повноту отриманої влади” та “недійсність” і “необов’язковість” рішень “так званого” (?!) Всеукраїнського Православного Собору від 25-26 червня 1992 р. Таким чином, архієрей долучився до групи духовенства, що відійшла від УПЦ Київського Патріархату і став одним з ініціаторів створення нової УАПЦ (і Львівсько-Галицької митрополії у її межах). Згідно з постановою Архієрейського собору УПЦ Київського Патріархату від 22-23 січня 1993 р., рішення Петра (рапорт від 25 грудня 1992 р.) було прийняте до уваги і стало підставою для його “відлучення від нашої Церкви”. Владика Андрій (Горак), відповідно до третього пункту постанови, був призначений тимчасово керуючим єпархією і став титулуватися Архієпископом Львівським і Дрогобицьким.
17 лютого 1993 р. призначення на Львівську кафедру отримав архієпископ Білоцерківський Володимир (Романюк), у майбутньому – Святійший патріарх Київський і всієї Руси-України. У березні 1993 р. Львівська Духовна Семінарія УАПЦ увійшла до складу Української Православної Церкви Київського Патріархату. 9 березня 1993 р. архієпископа Петра, протопресвітерів В. Ярему, І. Пашулю “за сіяння чварів і розбрату” та “організацію церковного заколоту” Священний Синод УПЦ Київського Патріархату позбавив священного сану. З обранням після смерті патріарха Мстислава у червні 1993 р. владики Володимира місцеблюстителем патріаршого престолу, 25 червня підтвердження свого призначення у Львівсько-Сокальську єпархію отримав архієпископ Андрій (Горак). У 1995 р. львівський владика, постійний член Священного Синоду Української Православної Церкви Київського Патріархату, був удостоєний сану митрополита.
Конфлікти та протистояння у середовищі УАПЦ спричинили і наступний поділ у церкві. Після взаємних заборон та “відлучень” не вдалося досягнути згоди між Харківським єпископом Ігорем (Ісіченком) та Львівським митрополитом Петром. Суперечливі рішення архієрейських соборів та патріарха УАПЦ Димитрія (Володимира Яреми) призвели до заборони у священнослужінні, а згодом і виходу із складу єпископату Петра (Петруся) (1997).
Рішенням Священного Синоду Помісної Української Православної Церкви Київського Патріархату від 28 жовтня 1997 р. на прохання митрополита УАПЦ Петра (Петруся), він із парафіями був прийнятий до складу церкви із тимчасовим наданням титулу “митрополита Львівського і Яворівського”, зобов’язанням у визначений термін перереєструвати статути парафій та забороною приймати у свою юрисдикцію парафії Львівсько-Сокальської та Дрогобицько-Самбірської єпархій. За невиконання зобов’язань та відмову прийняти іншу єпархію Петро був відчислений поза штат і продовжив свою діяльність як керівник новоствореної “синодальної” структури УАПЦ. Несприйнятними для архієрея були і умови входження до складу УПЦ Московського Патріархату, куди він також кілька разів намагався повернутися. Згідно з рішеннями та домовленостями священноначалля Церкви, він не міг бути прийнятий у сущому сані “митрополита Львівсько-Галицького”, натомість у сані ігумена міг очолити благочиння в Галичині. Упродовж тривалих конфліктів та суперечок більшість священиків та парафій відійшли від владики до Київського Патріархату та УАПЦ. Після низки переговорів, угод та їх порушень, Петро (Петрусь) продовжив самостійне існування, отримав державну реєстрацію – надалі очолює кілька парафій в Галичині, навчає студентів у своїй семінарії.
Складнощі новітньої історії єпархії пов’язані також зі спробами реалізації на її основі геополітичного проекту Московського Патріархату – створення т. зв. Галицької митрополії. Його виникнення пов’язують з ініціативою керівника Відділу Зовнішніх Церковних Відносин Російської Православної Церкви митрополита Кирила (Гундяєва) початку 1990-х рр. – як засобу розв’язання міжцерковного конфлікту в Західній Україні. Суть проекту полягала у створенні православної автокефальної церковної структури на території західноукраїнських областей, з можливістю широкої реалізації „національної програми” – „дозволеною” українською мовою в богослужінні, окремими обрядовими відмінностями, опертими на місцеві звичаї і т. п. Нова юрисдикція мала забезпечити зняття напруження в суспільстві, локалізуючи проблеми автокефального руху в православ’ї та конфлікти, що виникли у взаєминах з УГКЦ, регіоналізуючи процес відродження українських церковних традицій. Формування подібної структури сприяло б також посиленню позицій Московського Патріархату у Центральній та Східній Україні. Ідея „відродження” Галицької митрополії була актуалізована серед частини російських архієреїв та ієрархії УПЦ Московського Патріархату у 2005-2007 рр. – в період висловлення ініціатив Президента України В. Ющенка та народних депутатів України стосовно необхідності підтримки ідеї створення Єдиної Помісної Православної Церкви в Україні. Суть оновленого проекту полягала в отриманні православними громадами Галичини (саме поняття часто не уточнюється докладніше – йдеться про три західноукраїнські області чи більше) автокефального статусу, визнаного повнотою Православ’я. На думку церковних політиків, це могло б стати засобом подолання церковного розколу в Україні – присутність парафій УПЦ (МП) на території Галицької митрополії і навпаки – Галицької юрисдикції на території МП мала б вирішуватися через систему представництв. Таким чином, на Україні мали б існувати дві „канонічні” церкви – „Галицька” з центром у Львові, і за новою термінологією – „Київська”. Таке штучне співіснування двох митрополій в одній країні проголошувалося „меншим злом”, порівняно з існуючою ситуацією. Таким чином і в оновленому варіанті ідея Галицької митрополії мала на меті послабити православний автокефальний рух в Україні і призвести до поглиблення регіонального поділу держави.
Завдяки послідовній діяльності митрополита Андрія (Горака) єпархія успішно розвивала свою структуру, розбудовуючи парафіяльну мережу та навчальні заклади. Архіпастирська діяльність ієрарха була відзначена численними церковними та державними нагородами. Незважаючи на важку хворобу упродовж двох останніх років життя, митрополит продовжував активну діяльність та служіння. 5 липня 2010 р. митрополит Андрій спочив.
З 2010 р. Львівсько-Сокальську єпархію очолив митрополит Димитрій (Рудюк), до того – митрополит Переяслав-Хмельницький, ректор Київської Православної Богословської Академії. Як голова Синодального управління у справах духовної освіти, ієрарх активно втілює в життя освітню реформу, розбудовуючи Львівську Духовну Школу. Вперше у новітній історії Львова був заснований православний монастир – св. Іоана Золотоустого. Завдяки зусиллям ієрарха православний Львів вшановує давні та формує нові традиції духовного життя – так, в грудні 2010 р. у Львівському кафедральному свято-Покровському соборі відбулося урочисте прославлення Чудотворної Львівської ікони Богородиці-Одигитрії.
Сьогодні у Львові розміщені єпархіальні управління трьох гілок Українського Православ’я: Української Православної Церкви Київського Патріархату – митрополита Львівського і Сокальського Димитрія (Рудюка), Української Автокефальної Православної Церкви – митрополита Макарія (Малетича), Української Православної Церкви Московського Патріархату – архієпископа Львівського і Дрогобицького Августина (Маркевича). Розділена між трьома православними церквами Львівська єпархія складає лише незначну частину давньої єпархії Львівської, Галицької і Кам’янецької.
У Львові діють духовні навчальні заклади – Львівська Православна Богословська Академія Української Православної Церкви Київського Патріархату, духовна семінарія Української Автокефальної Православної Церкви. Духовні школи щорічно випускають зі своїх стін десятки кандидатів на посади церковно- і священнослужителів, задовільняючи потреби не лише Львівської, але й інших українських єпархій. Православні священики здійснюють душпастирські обов’язки не лише на парафіях, але й у численних державних навчальних закладах, військових частинах, проводять заняття у недільних церковних школах та запрошуються на уроки етики у загальноосвітніх. Православні духовенство та миряни беруть активну участь в екуменічних та доброчинних акціях. Львівську єпархію часто відвідує з первосвятительським благословенням Святійший Патріарх Київський і всієї Руси-України Філарет.
Несповідимими Господніми шляхами нам судилося ступити на поріг третього тисячоліття. Історія Української Православної Церкви, а у ній – Львівської єпархії, як частина Боголюдського процесу спасіння, сповнена трагізму і величі, смутку і радості. Смутку і жалю за втраченим через гріхопадіння блаженством, страху втратити Великий Божий дар та великої духовної радості несення свого хреста терпінь і глибокої віри, як навчав Спаситель, як засвідчували настанови святих апостолів та Отців і Вчителів Церкви. Благословляючи вірних під час одного з відвідань Львівсько-Сокальської єпархії, Святійший Патріарх Філарет закликав паству завжди пам’ятати про відносність часу перед Лицем Господа і, прохаючи у молитвах прощення гріхів померлих, здійснювати своє духовне покликання – сходження до Царства Небесного з вірою та в покаянні. “Православна Церква вимагає тяжкої праці над собою, боротьби з власними гріхами. Вона закликає до смирення, до терпіння та інших християнських чеснот. А вони даються нелегко…”
Свідком цього і запорукою майбутнього є наше минуле. Як прорік святий апостол Павло ще на зорі християнської цивілізації: “Усі, бажаючі жити побожно у Христі Ісусі, будуть гнані… А ти перебувай у тому, чого тебе навчили і що тобі довірили, знаючи ким ти навчений” (2 Тим. 3, 12-14).