Зміни та реформи, оперті на латинські зразки, дозволили єпископу впевненіше висловити свої переконання, підкріплені, відповідно, перспективою отримання значних церковних маєтків та політичних прав. У 1677 р. Й. Шумлянський звернувся до папського нунція і висловив готовність прийняти унію. Пропонуючи умови, єпископ домагався маєтків Київської митрополії, Львівської єпархії, Києво-Печерської Лаври. На початку 1681 р., за присутності папського нунція, у Варшаві Йосиф Шумлянський, перемишльський єпископ Іннокентій Винницький, архімандрит Унівського монастиря Варлаам Шептицький, ігумен Лиснянського монастиря Сильвестр Тваровський прийняли унію. Львівський єпископ запропонував уряду також проект наступного поширення унії. А в 1700 р., Йосиф Шумлянський проголосив перехід в унію Львівської, Галицької і Кам’янецької єпархії. Поступове згасання полемічного запалу (помітне впродовж XVII ст.), відсутність підтримки з боку сполонізованих великих шляхетських родів, заборона контактів з православними патріархатами, специфіка чину поминання ієрархії в богослужінні, прив’язаність духовенства і мас вірних до обряду, який на початку не зазнав жодних змін, невисокий, як на XVIII ст., рівень освіти, привели до, на перший погляд, майже безболісної реалізації римської політики на галицьких землях. Спричинилися до цього і загальні тенденції розвитку релігійної культури.
Сприйняття унії в єпархії потребує ще ґрунтовного джерелознавчого дослідження. Документи засвідчують спроби Шумлянського насильно “приєднати” до унії львівських братчиків, сфальсифікувати їх підписи, захопити Успенську церкву . Виявлені львівським дослідником І. Скочилясом реєстри православних священиків і парафій, що сплачували катедратик, які є ідентичними зі списком “приєднаного” духовенства, надісланим у Рим в 1700 р., змушують критично розглянути і цей факт .
16 червня 1700 р. король Август ІІ підтвердив заборону Шумлянському змушувати до унії братство. А в березні 1708 р., отримавши обіцянку збереження всіх прав, братчики уступили, погодившись на визнання зверхності Риму.
Упродовж XVIII ст. більшість священиків і представників братств зберігали православний обряд і визнання віри, не погоджуючись із жодними латинськими чи уніатськими нововведеннями. Так, у серпні 1720 р. представники Львівського братства брали участь у Замойському соборі. Коли нунцій Ієронім Ґрімальді запропонував підписати визнання віри, братчики висловили протест проти введення у символ додатку “і Сина”, зазначивши, що готові скласти визнання віри апостольське, а не папське . Процес латинізації охопив і літургійне життя уніатської церкви. Рішення Замойського собору обумовлювали низку реформ, спрямовану не лише на впорядкування внутрішньоцерковного життя, але й “наближення” східного обряду до західного. Серед цих постанов – заборона користуватися православними богослужбовими книгами, рекомендації якнайчастіше здійснювати “читані” літургії, не причащати малих дітей, таїнство єлеосвячення здійснювати лише над важко хворими, заборона визнавати святим Григорія Паламу, полегшення постів та ін. Зрештою, заборонено підтримувати будь-які духовні зв’язки з православними . Прот. К. Зноско, аналізуючи рішення собору, зазначав, що “суттєві виправлення собором обрядової сторони Уніатської Церкви полягало саме в заміні православних обрядів обрядами Церкви Римської” . Більшість рішень собору, що вводили, за визначенням греко-католицького священика Ю. Федоріва, “зміни, чужі духові й обрядові нашої церкви” , змогли втілитися у життя лише через багато років, завдяки застосуванню різних, у т. ч. й примусових, заходів. Багато священиків відмовлялися складати присягу на вірність Римському престолу. У період архієрейства Афанасія Шептицького (1715-1746) на теренах єпархії налічувалося принаймні ще 54 православні парафії .
Важливим етапом уніфікації богослужбової практики у Львівській уніатській єпархії стало “виправлення” книг у 20-30-х рр. XVIII ст. Поряд з виданнями відповідно відредагованих Требників, Служебників, Часословів та ін. у Львові, Вільні, Почаєві, з’являються й публікації обов’язкових вимог до поширеної у вжитку літератури та детальніші виклади втілюваних у життя змін. Стан матеріального забезпечення храмів у єпархії залишався на низькому рівні, тому далеко не кожна парафія могла придбати нові книги, зберігаючи давні – православні . У зв’язку з цим, 3 травня 1738 р. митрополит Афанасій Шептицький видав своє послання уніатському духовенству про виправлення православних богослужбових книг для літургійного вжитку . Згідно з цим документом, упродовж восьми тижнів у всіх книгах мали бути “вимазані”, “вийняті” і “викинені” всі подані у переліку фраґменти, визнані “православними”. Серед них, наприклад, повне вилучення послідування св. Григорієві Паламі, канону та молитов до преподобних печерських, окремих синаксарів та ін. послідувань, всіх згадок про Східну Православну Церкву та низку святих Православної Церкви (блаженного Марка Ефеського, преподобного Никити Столпника Переяславського Чудотворця, преподобних Феодора і Василія Печерських, преподобного Авраамія архімандрита, Смоленського Чудотворця, київських митрополитів Петра і Алексія та ін.). Окрім того, у відповідності з вченням Римської Церкви, були змінені певні догматичні визначення: додано “і Сина” у визнанні походження Святого Духа в Символі віри, збавлення від “вічного вогню” замінено збавленням від “мук чистилищних” і т. п. Видані владикою Афанасієм у 1744 р. “Устави Собору Замойскаго и Діецезіальные” мали на меті доступно пояснити і утвердити у свідомості духовенства усі догматичні, літургійні та обрядові нововведення, здійснені впродовж останніх десятиліть в уніатській церкві. Незважаючи на це, і у XVIII, і в ХІХ ст. “ревні уніати” галичани зберігали переконання в тому, що “найчистіший” слов’янський обряд збережено у Православній Церкві – “на Україні в Києві і коло Києва” .
Латинізація знаходила відображення і в зовнішній церковній атрибутиці, наприклад в скульптурних оздобах храмів (собор св. Юрія у Львові), появі в уніатських церквах орґанів. Щоправда, ці радикальні нововведення не набули особливого поширення.
Продовжувалося також протистояння у мирянському середовищі. У січні 1725 р. в комісії папської нунціатури у Варшаві були розроблені пропозиції про підпорядкування братства Львівському єпископу . Особливої уваги в документі надавалося необхідності анулювання всіх “схизматських” патріарших привілеїв, а також коригуванню тексту присяги. Збереглися тексти присяги братчиків з 1720–1750-х рр., писаних польською і латинською мовою, де одним з головних пунктів виділено “визнання всіх артикулів католицької віри” . А в дорученні від 16 лютого 1730 р. префекту театинців Юзефу Реданаскі побувати на зборах братства папський нунцій П. Камілл наголошував на необхідності не допустити до правління нікого “зараженого схизмою” .
Зовнішні зміни стали виявом глибоких внутрішніх перетворень у східній за обрядом уніатській церкві – переходу на латинську догматику, сприйняття еклезіології Римської Церкви, відмови від традиційних давніх форм християнського благочестя.
Головними осередками православної духовності впродовж століть залишалися монастирі. За підрахунками І. Крип’якевича, станом на кінець XV ст. на галицьких землях (частина Львівської, Перемишльської та Холмської єпархій) налічувалося 57 чернечих обителей . У Львові постійно діяли два чоловічі монастирі – святого Юрія і святого Онуфрія Великого. Відомі у єпархії давні православні обителі в Перегінську, Уневі та ін. У єпархії переважали невеликі монастирі скитського типу з братією по декілька ченців. Відома православна обитель – Хрестовоздвиженський Скит Манявський, заснований 1611 р. відомим аскетом першої чверті XVII cт. св. Іовом (Княгиницьким). Монастир єдиний у єпархії впродовж XVIII ст. залишився православним, здійснюючи духовну опіку над вірними у складних умовах суперечностей та переслідувань. З Львівською єпархією пов’язана діяльність ще одного відомого афонського аскета др. пол. XVI – першої чв. XVII ст. Іоанна (Вишенського). Саме з теренів Львівської єпархії, з галицьких монастирів і вихідцями з Львівської єпархії була розпочате оновлення духовного життя українсько-білоруського православного чернецтва в кін. XVI – на початку XVII ст. Саме це оновлення, здійснене в дусі вчення Святих Отців та Вчителів Церкви, аскетичних традицій ісихазму, зробило можливим проведення реформ київського митрополита св. Петра (Могили).
На початок XVIII ст. Львівська єпархія налічувала понад 50 намісництв (деканатів). Кількість парафій окремого намісництва не була чітко фіксованою і охоплювала від кількох до кількадесяти храмів. У процесі розростання намісництв міг відбуватися їх поділ на менші. У першій половині XVIII ст. деканати об’єднувалися у т. зв. генеральні намісництва або офіціалати – Львівський, Галицький, Брацлавський і Подільський. Станом на поч. XVIII ст. у складі єпархії було понад 1783 парафії. Згідно з підрахунками польського дослідника Л. Бєньковського, опертими на документи Архіву Конгрегації Поширення Віри (Рим), на 1701 р. ця цифра складала 1282. В останньому реєстрі були відсутні Мостівське, Олеське, Збаразьке, Бучацьке намісництва, а також повністю Подільська частина єпархії.
Станом на 1772 р. (поділ Речі Посполитої) Львівська уніатська єпархія налічувала 2504 парафії (при загальній кількості вірних бл. 800000 і середньою кількістю парафіян 320). Територія єпархії на той час складала 47,1 тис кв. км, що становило 8,9% площі Київської уніатської митрополії. Переважали парафії, що охоплювали одне село, хоча вже з 1701 відомо 40 великих сіл з двома церквами і навіть 6 – з трьома . У єпархії продовжила своє існування і низка православних громад.